Apesar de os estudos realizados serem promissores, existem riscos no emprego dos ácidos graxos poliinsaturados, pois foram assinalados alguns efeitos colaterais como mal-estar epigástrico e náuseas, em pequeno número. Também o consumo exagerado desses ácidos graxos pode ocasionar deficiência de vitamina E, assim como o óleo de fígado de bacalhau pode acarretar toxicidade por excesso das vitaminas A e O, o que não é observado com outros concentrados de EPA e DHA.
Risco potencial da ingestão de ácidos graxos poliinsaturados relaciona-se com diabéticos insulino-dependentes, pelo fato de poderem alterar as prostaglandinas e os eicosanóides relacionados na secreção insulínica, o que acarreta aumento da glicemia por aumento da produção hepática, sem haver modificação na sua eliminação, sendo que dessa forma o uso de EPA não trará benefícios para os diabéticos. O capítulo referente à obesidade e ao diabete tem merecido atenção pelo fato de a hiperlipidemia achar-se freqüentemente associada a esses dois estados, devendo ser assinalado que nem todos os diabéticos e obesos são hiperlipidêmicos. O mixedema apresenta predominantemente uma forma de hiperlipidemia que acelera o processo de aterosclerose, em oposição a outras hiperlipidemias encontradas nas nefroses e obstruções biliares, em que não costuma ocorrer aceleração da aterosclerose, principalmente coronariana. Em certos tipos de feocromocitoma e em certas formas de pancreatite também são encontradas alterações lipêmicas.
Quanto às recomendações de doses específicas para suplementação com os ácidos graxos ômega-3, elas poderão ser obtidas a partir dos padrões dos indivíduos submetidos a pesquisas, como os esquimós, acreditando-se que 2,5 a 5,Og de EPA parecem ser razoáveis, associados a uma dieta adequada, principalmente como medida profilática.