Esta é uma dúvida muito comum, e a resposta vai ser resumida e com uma linguagem bem simples.
Nosso corpo trabalha com metabolismos diferentes, todos ao mesmo tempo porém com prioridades diferentes e em diferentes velocidades de produção.Nossa via de produção mais rápida vem do ATP, depois a glicólise(quebra de glicose), proteólise(quebra de proteínas) e a lipólise(processo mais complexo de quebra das gorduras).
Basta lembrarmos da nossa digestão, gorduras demoram mais a serem absorvidas, carboidratos simples e proteínas são absorvidas rapidamente.
Bom, então vamos ao que interessa!
Na musculação, para que um treino seja bem executado nessecitamos ter um estoque de energia de produção rápida(ATP). Esta fonte de energia será a primeira a ser utilizada em qualquer estilo de treino porém a musculação é a que mais necessita desta energia, são repetições curtas com muita carga.
Quando começamos o treinamento através da parte aeróbia estamos utilizando a energia que seria importante para realizar uma contração muscular com carga alta, porem se este tipo de energia(ATP) não estiver mais disponível, entramos no metabolismo da glicose(açucar)e das proteinas, e esse processo é um pouco mais lento, por isso sentimos que a força cai muito durante um exercício com pesos. Isso dificilmente aconteceria se deixássemos o treino aeróbio para o final, pois no treino aeróbio podemos trabalhar tranquilamente com o metabolismo da glicose e das gorduras.
O contrário não aconteceria em um treino de musculação seguido do treino aerobio pelo fato de já entrarmos no metabolismo da glicose e das gorduras.